대학과의 연구개발협력은 기업들이 혁신에 필요한 지식과 정보를 외부로부터 습득ㆍ활용할 수 있는 주요한 방법이다. 그러나 대학-기업 간 협력은 조직 간 목표와 임무, 문화 등의 차이에서 오는 관계적 불확실성이 높으며, 주로 원천 기술 분야의 초기 기술개발 단계에서 협력이 이루어지므로 협력과제의 기술적 불확실성도 높다. 이러한 불확실성은 대학과의 협력을 실행하는 과정에서 기업이 직면하게 되는 주요 도전 요소가 되며, 이 요소들을 어떻게 관리할 것인가가 기업의 혁신성과를 결정하는 중요한 요인이 된다. 이에 본 연구에서는 대학-기업 간 협력과정에서 발생하는 도전 요소들에 전략적으로 대처하고 협력 실행과정을 효과적으로 관리하기 위한 기업의 협력 관리시스템을 상호조정시스템과 통제시스템으로 구분하고 각 시스템을 구성하는 세부 관리 방식들을 논의하였으며, 각각의 세부 관리방식이 기업의 혁신성과에 미치는 영향을 분석하였다. 또한 대학-기업 간 연구개발협력의 특성인 관계적 불확실성과 기술적 불확실성이 협력 관리시스템과 기업혁신 성과 간 관계에서 어떠한 조절 효과를 갖는지를 분석하였다. 분석 결과에 의하면 대학과의 연구개발협력에서 통제시스템보다는 상호조정시스템이 성과에 미치는 영향이 전반적으로 높은 것으로 나타났으며, 특히 세부 관리 방식으로서는 책임자 간 비공식적 상호 작용의 활성화와 조직간 수평적인 상호 영향력 확대가 성과 창출에 중요함을 알 수 있었다. 또한 협력 실행과정에서 불확실성이 높을수록 상호조정시스템이 성과에 미치는 영향이 전반적으로 높아지고, 불확실성이 낮은 경우에는 통제시스템의 영향이 높아지는 것으로 나타났다. 기업 경영 측면에서 볼 때 기술 및 관계적 불확실성이 모두 높은 상황에서는 상호조정시스템에 중점을 두는 것이 바람직하며, 두 가지 불확실성이 모두 낮을 때는 통제 시스템에, 하나의 불확실성만 높은 경우에는 상호조정시스템과 통제시스템의 적절한 결합이 바람직한 것으로 분석되었다.